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La población fue fundada por indígenas mixtecos y popolocas en la época prehispánica. Durante buena parte de su historia, la localidad se dedicó a la explotación de las salinas naturales en el Valle de Zapotitlán, originadas debido a la salinidad del lecho del río Zapotitlán o Salado. En las inmediaciones de esta población se localizan estas salinas y los vestigios de la ciudad de Cuthá, uno de los principales centros urbanos de la Mixteca Baja poblana durante el formativo superior mesoamericano.
El nombre de Zapotitlán proviene de los radiales xapotl o xapanatl, cacique del señorío de cutla, pueblo primitivo de la familia de los Popolocas, y de titlane, triunfante, victorioso; vocablo popoloca. Significa «Señor Victorioso, Ganancioso e Invencible».
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